由于瓶裝純凈水和蒸餾水均只是普通純水而不是超純水，水中仍含有少量離子和有機物等雜質(zhì)，用以配制液相和洗脫液不僅可能污堵昂貴的色譜柱，也影響HPLC定出平坦的基線。

瓶裝純凈水的純化工藝，通常包括吸附、過濾、反滲透等，對顆粒性有機物的去除效果較好，但對微量離子及有機物的去除卻不能滿足高靈敏度的 HPLC實驗之需求，并且，由于其包裝通常多為PVC瓶，透氧率高，同時存在一定的化學溶出量，從而污染瓶中的純凈水，尤其是保存一段時間后，水質(zhì)下降更多，因此表現(xiàn)在HPLC色譜圖上，雖無特定吸收峰，但基線存在較嚴重的不穩(wěn)干擾。

蒸餾水是指用蒸餾方法制備的純水。可分一次和多次蒸餾水。水經(jīng)過一次蒸餾，不揮發(fā)的組分殘留在容器中被除去，揮發(fā)的組分進入蒸餾水的初始餾分中，通常只收集餾分的中間部分，約占60％，要得到更純的水，可在一次蒸餾水中加入堿性高錳酸鉀溶液，除去有機物和二氧化碳；加入非揮發(fā)性的酸（硫酸或磷酸），使氨成為不揮發(fā)的銨鹽。通過對雙蒸水進行HPLC檢測時發(fā)現(xiàn)，254nm和214nm在22-27分鐘時都出現(xiàn)較強的吸收峰，這表明有疏水性較強的有機物污染，其原因應是蒸餾過程的共沸現(xiàn)象導致了某些揮發(fā)性有機物去除不徹底。